Tháng 4 năm 2003 (Porto)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 1 trận
Trong trận thắng 4-1 của Porto trước Lazio tại bán kết Cúp châu Âu, Mourinho đã ngăn cản Lucas Castroman của Lazio thực hiện pha ném biên nhanh khi nhận ra các cầu thủ phòng ngự của mình chưa kịp lui về đúng vị trí.
Tháng 3 năm 2005 (Chelsea)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 2 trận, nộp phạt 16.000 bảng
Sau chiến thắng 2-1 của Barca trước Chelsea tại Camp Nou, Mourinho đã cáo buộc trọng tài Anders Frisk và HLV Franl Rijkaard khi đó đã có cuộc nói chuyện trong giờ nghỉ. Ông cho rằng trọng tài đã thiên vị Barca và đuổi Didier Drogba khỏi sân. Trưởng ban trọng tài UEFA Volker Roth đã gọi Mourinho là kẻ thù của bóng đá, trong khi Frisk phải nghỉ hưu sớm sau khi bị đe dọa tính mạng.
Tháng 6 năm 2005 (Chelsea)
Án phạt: Nộp 75.000 bảng
Mourinho đã gặp riêng Ashley Cole vào tháng Giêng khi anh này vẫn còn hợp đồng với Arsenal. Chelsea đã chiêu mộ cầu thủ người Anh nhưng FA đã điều tra ra cuộc gặp hôm đó và hành động này là trái luật của Ngoại hạng Anh.
Tháng 9 năm 2009 (Inter Milan)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 1 trận và nộp 13.500 bảng
Mourinho lăng mạ trọng tài Daniele Orsato trong trận thắng 2-1 của Inter trước Cagliari sau khi không thổi phạt Davide Astori vì pha phạm lỗi với Mario Balotelli.
Tháng 12 năm 2009 (Inter Milan)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 1 trận
Mourinho có hành động vỗ tay chế nhạo trọng tài Massimiliano Saccani sau bàn thắng mở tỷ số của Felipe Melo cho Juventus, giúp Bà đầm già thắng Inter với tỷ số chung cuộc 2-1.
Tháng 2 năm 2010 (Inter Milan)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 3 trận và nộp phạt 40.000 euro
Trong trận hòa không bàn thắng trên sân nhà trước Sampdoria, Mourinho đã bắt chéo cổ tay để ám chỉ sự “bó tay” trước quyết định đuổi Walter Samuel và Ivan Cordoba từ trọng tài. Đây là một trận đấu rất tranh cãi khi hai đội chủ động đá người hơn là đá bóng.
Tháng 11 năm 2010 (Real Madrid)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 1 trận và nộp phạt 33.500 bảng
Xabi Alonso và Sergio Ramos được cho là đã cố tình nhận thẻ vàng trong trận thắng 4-0 trước Ajax ở lượt áp chót vòng bảng Champions League. Cả hai bị cấm thi đấu trong lượt trận cuối do luật quota thẻ vàng và hoàn toàn “sạch thẻ” ở vòng knock-out. Hành động chỉ đạo học trò “tẩy thẻ” của Mourinho đã bị ghi lại và ông bị điều tra, cuối cùng dẫn đến án phạt nói trên.
Tháng 11 năm 2010 (Real Madrid)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 3 trận
Trong trận thắng 5-1 của Real trước Murcia tại Cúp nhà Vua, Mourinho đã dùng những từ ngữ thiếu tôn trọng và tỏ thái độ khinh miệt với trọng tài.
Tháng 4 năm 2011 (Real Madrid)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 2 trận (Sau này bị bãi bỏ)
Trong trận chung kết Cúp nhà Vua năm đó, Real đã thắng 1-0 nhưng hai đội lại có vụ ẩu đả bên ngoài đường biên. Mourinho đã móc vào mắt HLV quá cố Tito Vilanova và bị ghi lại hình ảnh này. Năm 2012, chủ tịch liên đoàn bóng đá Tây Ban Nha Angel Maria Villar đã minh oan cho cả hai.
Tháng 5 năm 2013 (Real Madrid)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 2 trận
Mourinho bị trọng tài Clos Gomez truất quyền chỉ đạo trong trận chung kết Cúp nhà Vua trước Atletico Madrid. Kết quả Real thua với tỷ số tối thiểu còn Mourinho bị cấm chỉ đạo vì liên tục phản đối quyết định của trọng tài.
Tháng 10 năm 2015 (Chelsea)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 1 trận và nộp 40.000 bảng
Trận thua 1-3 trước Southampton đã khiến Chelsea rơi tự do xuống vị trí 16 trong hành trình bảo vệ ngôi vô địch mùa trước. Không những thế, Mourinho còn bị phạt vì hành động phản đối trọng tài. Sau trận đấu, ông đã công khai lên tiếng: “Nếu FA muốn trừng phạt tôi, họ có thể. Họ không làm thế với những HLV khác mà chỉ với mình tôi. Tôi muốn nhắc lại một lần nữa, những trọng tài đang lo sợ với những quyết định cho Chelsea.”
Tháng 10 năm 2015 (Chelsea)
Án phạt: Cấm chỉ đạo 1 trận và nộp 40.000 bảng
Hai trận sau khi bị phạt, Mourinho lại tái diễn hành động trong trận thua 1-2 trước West Ham. Lần này trọng tài bị ông chỉ trích chính là Jon Moss.
Tổng cộng ông đã bị cấm chỉ đạo 16 trận và nộp số tiền lên đến 258.000 bảng. Với số tiền này, ông đã có thể mua Seamus Coleman đến 4 lần. Năm 2009, cầu thủ người Ireland đã chuyển đến Everton từ Sligo Rovers với giá chỉ 60.000 bảng.
Tuy nhiên, số tiền nói trên có thể rất lớn so với nhiều người, nhưng không là gì với Mourinho. Mức lương của ông hiện tại ở Manchester United được tiết lộ vào khoảng 300.000 bảng mỗi tuần, nghĩa là ông chỉ cần làm 6 ngày là đủ tiền để nộp phạt lỗi lầm trong suốt 13 năm qua.
