Ở cuộc đối đầu giữa ĐT Việt Nam với Malaysia lượt trận thứ 2 bảng B tại AFF Cup 2016, HLV Hữu Thắng tiếp tục để Công Phượng trên băng ghế dự bị và đặt niềm tin vào bộ đôi tiền đạo Công Vinh và Văn Quyết với Công Vinh đá cao nhất trên hàng công, Văn Quyết thi đấu thấp hơn ở phía sau.
Tuy nhiên, trước hàng phòng ngự được tổ chức dày đặc của Malaysia, những chân sút chủ lực của đội tuyển Việt Nam như Công Vinh, Văn Quyết, Thanh Trung, Trọng Hoàng… gặp rất nhiều khó khăn trong việc tiếp cận khung thành đối phương. Trong khoảng 60 phút đầu tiên của trận đấu, đội tuyển Việt Nam không tạo ra được mấy cơ hội nguy hiểm về phía khung thành thủ môn Khairul Chemat của Malaysia.
Trước sự bế tắc của đội tuyển Việt Nam trong khả năng tìm kiếm bàn thắng và suy giảm thể lực của các cầu thủ Malaysia, HLV Hữu Thắng đã quyết định tung Thành Lương, Công Phượng vào sân thay thế cho Thanh Trung và Văn Quyết. Sự có mặt của Thành Lương và Công Phượng trên sân đã giúp lối chơi của đội tuyển Việt Nam có sự biến hóa hơn. Khả năng cầm bóng của bộ đôi cầu thủ vào sân thay người giúp đội tuyển Việt Nam liên tục kéo giãn hàng phòng ngự của Malaysia. Trong khi đó, Công Phượng với lần đầu tiên được HLV Hữu Thắng trạo cơ hội tại AFF Cup 2016, tiền đạo người xứ Nghệ liên tục di chuyển hút hậu vệ của Malaysia khiến lối chơi của đội bóng này gặp nhiều khó khăn trong việc theo người.
Điều này đã tạo khoảng trống để Xuân Trường có tình huống kiến tạo để Trọng Hoàng ghi bàn thắng duy nhất cho đội tuyển Việt Nam trong trận đấu ở phút 80. Sau khi ĐT Việt Nam có được bàn thắng vươn lên dẫn trước, ĐT Việt Nam thi đấu tự tin hơn và Công Phượng thậm chí đã có liên tiếp hai cơ hội để nhân đôi cách biệt cho đội tuyển Việt Nam tiếc rằng tiền đạo trẻ người xứ Nghệ đã không tận dụng thành công cơ hội của mình.
Với chiến thắng 1-0 trước Malaysia, đội tuyển Việt Nam đã sớm giành cho mình tấm vé vào bán kết AFF Cup 2016. Còn với Công Phượng, tiền đạo trẻ được báo chí đánh giá cao cho màn trình diễn của mình trong quãng thời gian xuất hiện trên sân. Thậm chí Công Phượng được trang FourFourTwo đánh giá cao hơn cả Công Vinh, Văn Quyết, Văn Thành, Thanh Trung khi được chấm 6,5 điểm tương tự như những cầu thủ khác như Văn Hoàn, Hoàng Thịnh, Đình Luật, Xuân Trường.
Trong trận đấu này, Văn Quyết là cầu thủ nhận số điểm thấp nhất từ trang FourFourTwo khi chỉ được 5,5 điểm.
Với việc ĐT Việt Nam đã sớm giành vé vào bán kết AFF Cup 2016, nhiều khả năng Công Phượng sẽ được HLV Hữu Thắng trao cơ hội đá chính trong lượt trận đấu cuối tại bảng B với Campuchia vào ngày 26/11 tới. Đây được đánh giá là trận đấu dễ dàng cho đội tuyển Việt Nam khi Campuchia không còn động lực thi đấu do đã phải chia tay với AFF Cup 2016 khi để thua ở cả 2 lượt trận đầu tiên.
Đội hình thi đấu của ĐT Việt Nam:
Việt Nam: Nguyên Mạnh, Văn Hoàn, Đình Luật, Ngọc Hải, Văn Thanh, Trọng Hoàng, Hoàng Thịnh, Xuân Trường (Minh Tuấn 90'+3), Thanh Trung (Thành Lương 53'), Văn Quyết (Công Phượng 64'), Công Vinh.
Điểm số cụ thể của các tuyển thủ Việt Nam theo FourFourTwo:
Nguyên Mạnh: 7,0 điểm
Quế Ngọc Hải: 7,0
Âu Văn Hoàn: 6,5
Trương Đình Luật: 6,5
Vũ Văn Thành: 6
Trọng Hoàng: 7,5
Thành Lương: 7,0
Ngô Hoàng Thịnh: 6,5
Lương Xuân Trường: 6,5
Đinh Thanh Trung: 6
Lê Công Vinh: 6
Nguyễn Văn Quyết: 5,5
Nguyễn Công Phượng: 6,5
Vũ Minh Tuấn: không đủ thời gian thi đấu để chấm điểm