Trong mùa giải 2016, Công Phượng là một trong 3 cầu thủ xuất ngoại của CLB HAGL cùng với Tuấn Anh và Xuân Trường. Dù không được trao cơ hội tường xuyên trong màu áo CLB Mito Hollyhock thời gian qua nhưng tiền đạo người Nghệ An vẫn được fan hâm mộ và giới chuyên môn trong nước đặt nhiều kỳ vọng trong màu áo ĐT Việt Nam tại AFF Cup 2016.
Tuy nhiên, kể từ khi về nước tập trung cùng đội tuyển, những dấu ấn mà Công Phượng để lại là chưa nhiều. Trong trận đấu giao hữu cuối cùng của đội tuyển Việt Nam trước thềm AFF Cup 2016 diễn ra trên sân Cần Thơ ngày 12/11, gặp Avispa Fukuoka, chân sút sinh năm 1995 được HLV Hữu Thắng tung ra sân ngay từ đầu. Đây là một trong những lần hiếm hoi tiền đạo 21 tuổi của đội bóng phố Núi được trao cơ hội đá chính thời gian gần đây. Tuy nhiên, anh gây thất vọng khi bỏ lỡ một số cơ hội, trong đó có tình huống đối mặt với thủ môn đối phương.
Trong buổi tập đầu tiên tại Yangon chiều 15/11, Công Vinh và Công Phượng là những cái tên thu hút sự chú ý của giới chuyên môn trong nước. Đây là những đại diện cho hai thế hệ của bóng đá Việt Nam, cả hai có nhiều pha đối mặt trực tiếp. Dù đã bước sang sườn dốc bên kia của sự nghiệp nhưng bằng kinh nghiệm trận mạc lâu năm, Công Vinh không mấy khó khăn để qua mặt đàn em.
Thua kém đàn anh trong những tình huống tranh chấp bóng trực tiếp, Công Phượng tiếp tục mất điểm với HLV Hữu Thắng khi đá hỏng một quả penalty. Theo đó, trong màn tập sút phạt đền, Công Phượng một lần đá kiểu panenka nhưng bị thủ môn dễ dàng khống chế. Theo đó, Công Phượng đã bị phạt bằng cách lộn 1 vòng trên sân. Ở lần sút cuối, HLV Hữu Thắng cho biết sẽ phạt Công Phượng lộn 5 vòng, nếu sút không thành công quả đá phạt 11m, may mắn là anh đã thực hiện thành công.
Nếu không cải thiện khả năng thi đấu, giới chuyên môn và fan hâm mộ đưa ra nhận định, tiền đạo 21 tuổi người Nghệ An đối mặt nguy cơ ngồi dự bị dài dài tại AFF Cup 2016 tới đây khi trong tay HLV Hữu Thắng còn rất nhiều sự lựa chọn chất lượng trên hàng công.