Nguyễn Thanh Khôi là một trong những tiền vệ tài năng của bóng đá Việt Nam. Anh sớm cho thấy được những phẩm chất tốt khi thi đấu ở vị trí tiền vệ tổ chức. Phong cách thi đấu của cầu thủ này khá giống với người đàn anh Nguyễn Tuấn Anh.
Nhận định về tài năng của cầu thủ đang thuộc biên chế của CLB Công an Nhân dân (thi đấu giải Hạng Nhì), HLV Philippe Troussier cho biết: "Tôi không chọn cầu thủ to khoẻ, tranh chấp làm gì cả. Bởi khi chúng ta kiểm soát bóng thì không phải tranh bóng. Thanh Khôi là mẫu cầu thủ điển hình mà tôi cần.
Cậu ấy là ví dụ tiêu biểu cho công tác đào tạo trẻ Việt Nam. Tuy nhiên, Khôi không được thi đấu nhiều ngoại trừ giải U19 Quốc gia cùng U19 HAGL.
Thanh Khôi nhận được lời khen ngợi từ HLV trưởng U19 Việt Nam.
Sau khi Khôi tham dự vòng loại U19 châu Á vào cuối năm ngoái. Tôi đã có nhiều lần thuyết phục BLĐ HAGL tạo điều kiện cho cậu ấy thi đấu nhiều hơn. Nhưng phải trong thời gian gần đây, HAGL mới có động thái tích cực khi cho Khôi tham dự giải Hạng Nhì Quốc gia dưới màu áo CAND theo dạng cho mượn. Tôi nghĩ đây là điều tốt cho cá nhân em Khôi và HAGL về sau này."
Nguyễn Thanh Khôi là một trong những nhân tố nổi bật của U19 Việt Nam trong hành trình vòng loại U19 châu Á diễn ra vào tháng 11/2019. Anh chính là tác giả của bàn thắng khai thông thế bế tắc trong trận đấu gặp U19 Mông Cổ vào ngày 6/11/2019. Từ đó, Rồng vàng đã chơi hưng phấn và giành chiến thắng đậm 3-0 trước đối thủ.
