Mặc dù đang sở hữu một phong độ ấn tượng cùng Manchester City mùa này thế nhưng sau khi trở lại từ World Cup, Joao Cancelo ngày càng vắng bóng trong những trận đấu của đội nhà trước khi gây bất ngờ bằng thương vụ chuyển đến Bayern Munich dưới dạng cho mượn, có đính kèm điều khoản mua đứt.
Đã có những đồn đoán về mâu thuẫn giữa hậu vệ người Bồ Đào Nha và thuyền trưởng The Citizens, Pep Guardiola. Tuy nhiên, HLV Pep Guardiola không đồng tình với điều này khi bày tỏ: "Nghe này, nếu như Bayern Munich muốn chiêu mộ Joao Cancelo thì đó là vì cậu ấy là một cầu thủ xuất sắc.
Pep Guardiola dành nhiều lời khen cho Joao Cancelo.
Do đó, tôi sẽ không nói xấu về Joao Cancelo, dù chỉ là 1 từ. Tinh thần làm việc, kỹ năng và đam mê chơi bóng của cậu ấy đều tuyệt vời. Mọi người đều biết điều đó.
Hiện tại, tôi hài lòng với đội hình của mình. Chúng tôi có thể xử lý tốt với tình hình lúc này. Tôi có niềm tin vào những cầu thủ mà mình đang sở hữu. Nếu không, tôi có thể đề xuất với Ban lãnh đạo về những điều chúng tôi nên làm".
