Theo đó với hành vi đạp vào lưng cầu thủ Bayu Pradana ở phút 75 trong trận bán kết lượt về AFF Cup 2016 giữa ĐT Việt Nam và Indonesia tại Mỹ Đình ngày 7/12, khiến cho thủ môn Nguyên Mạnh đã phải nhận thẻ đỏ. Dù trọng tài chính đã không nhìn thấy hành động của thủ môn người Nghệ An, nhưng đã không qua mắt được trọng tài biên. Sau một thời gian hội ý, trọng tài chính đã quyết định rút thẻ đỏ trực tiếp đối với Nguyên Mạnh trong sự ngỡ ngàng của khán giả và người hâm mộ cả nước.
Sau khi xem lại hành động đó trên băng ghi hình, thủ môn này đã có hành động đánh nguội đối với cầu thủ Indoneisa. Với chiếc thẻ đỏ của Nguyên Mạnh, ĐT Việt Nam đã rơi vào hoàn cảnh vô cùng khó khăn. Không còn quyền thay người, buộc HLV Nguyễn Hữu Thắng phải đưa trung vệ Quế Ngọc Hải về làm người giữ thành bất đắc dĩ và là một trong những lý do khiến đội tuyển Việt Nam nhận thất bại chung cuộc 3-4 trước Indonesia ở bán kết.
Hành vi của Nguyên Mạnh vi phạm Điều 48 Quy định kỷ luật của AFC. Án phạt 1000 USD và 2 trận treo giò chỉ là mức phạt tối thiểu cho hành động ấy.
Tiền phạt này sẽ do Liên đoàn bóng đá Việt Nam nộp. Nguyên Mạnh không được tham dự các trận đấu chính thức của tuyển Việt Nam có trong lịch FIFA như là vòng loại ASIAN Cup 2019 tới đây.
Đây là án phạt thứ 2 mà bóng đá Việt Nam phải nhận hậu AFF Cup. Trước đó, VFF cũng đã phải nộp 38000 USD sau khi một số CĐV quá khích ném đá phả hỏng cửa kính xe bus của đội tuyển Indonesia.
Nguyên Mạnh sẽ vắng mặt và bắt buộc HLV Nguyễn Hữu Thắng phải tìm kiếm một người giữ đền mới, người có thể tạo ra được sự tin tưởng tuyệt đối cho các đồng đội trong hành trình chuẩn bị ở những giải đấu sắp tới.